Spieler von Pokémon Omega Rubin und Pokémon Alpha Saphir werden sich eine Geheimbasis einrichten können und dadurch einen persönlichen Rückzugsraum erhalten, dem sie ihre eigene Note verleihen können, indem sie ihn mit allerlei Fallen und Überraschungen für Besucher spicken. Außerdem werden sie dort die Möglichkeit haben, Kampfregeln für Pokémon-Kämpfe festzulegen, um so ihre Geheimbasis gewissermaßen in ihre ganz individuelle Pokémon-Arena zu verwandeln!
Zudem werden Spieler ihre Geheimbasen mit Trainern auf der ganzen Welt teilen können, indem sie entweder die StreetPass-Funktion ihres Nintendo 3DS- oder Nintendo 2DS-Systems nutzen oder sich einen QR Code für ihre Geheimbasis erstellen, der es anderen ermöglicht, dieser einen Besuch abzustatten. Beim Besuch der Geheimbasis eines anderen Spielers kann man diesen als Geheim-Freund in die eigene Geheimbasis einladen und außerdem die Bekanntschaft von weiteren Trainern machen.
Geheim-Freunde erweisen sich gleich in mehrfacher Hinsicht als nützlich, denn Spieler können sich mit ihnen nicht nur in Pokémon-Kämpfen messen, sondern auch von deren Talenten profitieren. Mithilfe dieser Talente können Geheim-Freunde zum Beispiel Deko-Objekte herstellen, das Schlüpfen von Pokémon beschleunigen oder den Level eines Pokémon um eins erhöhen. Je mehr Geheim-Freunde ein Spieler hat, desto umfangreicher ist auch die Bandbreite an Talenten, auf die er während seines Abenteuers zurückgreifen kann.
Außerdem haben Spieler beim Besuch einer fremden Geheimbasis die Möglichkeit, die Fahne zu entwenden, die sich dort neben dem Geheim-PC befindet. Der Rang des Spielers steigt umso stärker an, je mehr Fahnen gesammelt werden. Als Belohnung für den Rangaufstieg erhalten die Geheim-Freunde des Spielers zum Beispiel neue Talente hinzu.